In de voormalige Gemeente Dussen waren in de veertiende eeuw drie rooms-katholieke parochies die alledrie tot het bisdom Utrecht behoorden. Zo was een zekere Godfried pastoor van Arnoudswaard, die in 1323 werd opgevolgd door Nicolaas, zoon van Wouter Ketelaar. Daarnaast was er de kerk van Munsterkerk, toegewijd aan de apostelen Filippus en Jacobus, die werd gesticht door Willem van Wijtvliet. Hij had er destijds met instemming van de plaatselijke geestelijke een college van twaalf kanunniken aan verbonden, waarbij hun inkomsten gefinancierd werden door goederen die Wijtvliet had ingebracht. Dit kapittel werd in 1316 overgebracht naar Brielle, maar de parochie bleef. In 1392 was Wouter uten Houten er pastoor. De kerk van Munsterkerk heeft gestaan in wat nu de Zuid-Hollandse polder wordt genoemd, zo’n 1.100 meter buitendijks de Kornsedijk aan de Oude Straat. Tenslotte was er nog de parochie van Muilkerk, toegewijd aan Onze Lieve Vrouwe Geboorte, met in 1398 Claes Aerntsoen als priester.
Met de Sint Elisabethsvloed van 1492 verdwenen de parochies van Aartswaarde en Munsterkerk; in 1421 en 1423 stopten hun bijdragen aan de bouw van de Utrechtse Dom. Het meer oostelijk gelegen Muilkerk stond deels onder water, maar de rekeningen van de Domfabriek gaven dertig jaar later, dus ná 1450, weer enige opbrengst te zien van Muilkerk. Opvallend is wel dat in 1458 een zekere Claas als kerkmeester van Monsterkerk en Dussen (Muilkerk) werd opgetekend. De kerk van Dussen Muilkerk stond in het huidige Dussen Binnen langs de noordoever van het riviertje de Dusse.
De reformatie voltrok zich in Dussen Muilkerk slechts geleidelijk. Tot 1608 was er nog een pastoor aanwezig, maar mogelijk was deze hervormingsgezind. Maar in 1610 werd het rooms-katholieke kerkgebouw van Muilkerk toch door de hervormden overgenomen. De rooms-katholieke religie hield echter niet op te bestaan, de roomsen hadden alleen geen kerkgebouw meer. Het geloof moest min of meer “in ‘t geheim” worden beleden, alhoewel we dat in Dussen nou ook weer niet al te letterlijk moeten nemen. De parochie bleef voortbestaan. De zielzorg werd vooral verricht door rondtrekkende jezuďeten, het elitekorps van de katholieke reformatie, afkomstig uit Geertruidenberg en Dongen.
In 1677 kwam er in Dussen weer een pastoor. Door het betalen van geld werd dit oogluikend toegestaan. In 1711 huurde men van de kasteelheer van Dussen Munsterkerk een woning buitendijks aan de Sluis, waar later de kerk gebouwd zou worden, dat ingericht was als pastorie. Het Huijs dat in 1726 in gebruik werd genomen, diende tevens als eerste schuurkerk, vergaderplaats en mogelijk zelfs als school. In 1755 werd rentmeester Pieter Stael gemachtigd door graaf Alexander van Groesbeek, wiens kinderen eigenaar waren van het gebouw, om het in eigendom over te dragen aan de parochie. Zodoende kon in 1760 een nieuwe kerkschuur ten oosten tegen het pastoriehuis aangebouwd worden. In 1826 werd de bestaande kerkschuur aan de Sluis aanzienlijk uitgebreid en verbeterd, maar lang konden de parochianen daar niet van genieten want in 1842 werd de kerk door brand verwoest.
De kerk aan de Sluis was een voortzetting van de rooms-katholieke parochie Muilkerk. Deze was ondertussen samengegaan met de rooms-katholieke parochie van Munsterkerk. Dit valt af te leiden uit feit dat in de zestiende eeuw verpachtingen van “gemene” buitendijkse (Kornsedijk) landen, die plaats vonden in de kerk aan de Sluis, gebeurden op de feestdag van de patroonheiligen van de parochie van Munsterkerk: Filippus en Jacobus.
Bron: ORA Munsterkerk, toegang 0115, inventaris nr 0645 'Van Johannis Franciskus van Heel, pastoor, alsmede Anthonie Eijkholt en Gerrit van Reussel, kerkmeesters, terzake van huur van pastorie, tevens kerk en vergaderplaats, huren van de graaf van Groesbeek, in verband met betaling van de 20e penning', 1730 1 stuk.In de Franse Tijd werden er veel veranderingen doorgevoerd, ook op gebied van geloofsbelijdenis. Een en ander werd vastgelegd in een nieuwe Grondwet. In het najaar van 1797, ten tijde van de Bataafse Republiek, werd onder meer door inwoners van Dussen en aanhangers van het gereformeerde kerkgenootschap een rekest ingediend waarin zij verzochten om in het Grondwetsontwerp geen bepalingen op te nemen die belemmerend zouden werken bij de uitoefening van de gereformeerde godsdienst en het onderhoud der kerken, alsmede enkele extract-decreten.
Uit dit stuk blijkt dat de pastorie - die tevens dienst deed als kerk en vergaderplaats - aan de Sluis gehuurd werd van de toenmalige kasteelheer. Bovendien wordt uit de rekeningen van de rentmeester van het kasteel Van Couwenbergh duidelijk dat er diverse malen geld besteed werd aan het 'kerckehuijs'. Zo werd het in 1720 geverfd door Simon Colthoff en voor drieduizend moppe (stenen) voor een verbouwing werd vijftien gulden en vijftien stuivers neergeteld. Ook reisde rentmeester Van Couwenbergh met de schout van Dussen - waarschijnlijk Cornelis van Brandwijk Corneliszoon (1672-1729) - naar Dordrecht 'over affaires van de nieuwen pastoir'.[Bron: 700 jaar Kasteel-Dussen, p.67-76].
In 1755 werd rentmeester Pieter Stael gemachtigd door graaf Alexander van Groesbeek, wiens kinderen eigenaar waren van het gebouw, om al het noodzakelijke te ondernemen om het gebouw formeel in eigendom over te dragen aan de parochie. Bron: Stadsarchief Amsterdam Notariële archieven Deel: 9246, Periode: 1756, Amsterdam, archief 5075, inventarisnr 9246, 16 juli 1756, aktenummer 312055.
Deze formele overdracht maakte de weg vrij om in 1760 een zogenaamde 'kerkschuur' tegen de pastorie aan te bouwen. Op de allereerste kadasterkaart van de omgeving van de Sluis is duidelijk te zien dat de in 1826 aanzienlijk uitgebreide bestaande kerk(schuur) aan de oostzijde tegen pastorie is gesitueerd. Deze kerk had nog geen toren, anders was deze ongetwijfeld als oriëntatiepunt bij de eerste kadastrale opmetingen benut, en dat was niet het geval. Na de brand van 1842 werd deze pastorie en kerk zonder toren vervangen door een compleet nieuwe kerk met toren met een aparte pastorie aan de oostzijde. Deze kerk staat gedeeltelijk afgebeeld op de foto van de grote dorpsbrand van 1892.
Met subsidie van de overheid en donaties van rijke parochianen kon in 1845 een gloednieuwe kerk in gebruik genomen worden. Ook op ander gebied ontwikkelde de parochie zich voorspoedig. De Zusters van Liefde richtten in 1861 een Liefdesgesticht op waaraan tevens een meisjesschool en gasthuis voor weeskinderen werd verbonden. Daar waren flinke bedragen mee gemoeid, maar door spaarzaamheid en liefdadigheid van de parochianen in de jaren daarna was de parochie in 1890 geheel schuldenvrij. Maar het noodlot sloeg andermaal toe, want in 1892 ging de kerk opnieuw in vlammen op.
De parochie bleef echter niet bij de pakken neerzitten en in 1895 werd een nog fraaier nieuw kerkgebouw van architect E. Corbeij uit Roermond in gebruik genomen. De pastoor schreef: “De menschen waren uiterst tevreden over alles en konden niet genoeg beseffen wat het zeggen wil in luister en pracht God in zijn huis te mogen dienen en verheerlijken”. De imposante nieuwe kerk met fraaie ranke torenspits werd in de jaren daarna steeds verder verfraaid. Dit alles mogelijk gemaakt door legaten van parochianen. Zelfs tijden de crisisjaren stond de parochie er financieel uitstekend voor. Maar ook de geloofsbeleving vierde hoogtij met bijvoorbeeld een luisterrijke processietraditie.
Gedurende de laatste Oorlogswinter (1944-1945) werd Dussen frontgebied met als gevolg dat de kerk dusdanig werd verwoest dat afbraak noodzakelijk was. Doch de met de wederopbouw werd een nieuw en modern kerkgebouw gerealiseerd aan het Vrijheidsplein in Dussen. Deze kerk werd in 1955 ingewijd. In 2005 werd het 50-jarig bestaan van het kerkgebouw gevierd door de parochianen.